6月の有給休暇を8月に発生した振休とあとで入れ替える運用は？

他社のやりようをあげつらうつもりはありませんが、御社の総務には労務管理の法的センスがなさすぎます。

６月にとったのが、労基法の年次有給休暇なら、労働者の権利行使にたいする重大な侵害行為です。会社の一存で取り消しようがないのです。

８月の休日出勤が、事前に勤務日と休日を使用者が指定して入れ替えた「振替休日（勤務）」でしょうか、そうでなく休日出勤が先行して、あとから「代休」をとる（とらせる）事態になったのでしょうか？

後者なら、少なくとも、休日出勤よりも後の日に代休日を指定することになりますでしょう。遡及（さかのぼること）のしようがないのです。