定期券が実際の経路と異なる場合、差額の請求可能？

こんにちは。

会社でどのような通勤費の支給基準であれ、虚偽報告で過剰に支給をうけているわけですから、当然差額分は返還していただき、さらに懲戒事由にも該当するのではないかと思われます。

また、課税・非課税については合理的なルートでその分以内で支給していれば非課税となるわけで、合理的な判断は時間・費用の両方から検討する必要があります。地下鉄を使用することで15分短縮されるわけですから、費用はかかっても時間的にはより合理的になりますから、今回の例程度では問題ないと思います。
ただ、本人が実際には違うルートで通勤しているわけですし、他に同一沿線の方で地下鉄を使わないような場合は、課税所得とみなされても仕方なしと思います。

地下鉄の定期を購入していなくても、月の内何回かは地下鉄を利用されることがあるのではないでしょうか。例えば残業で遅くなったり、朝寝坊や疲れなどが考えられます。ですから、そこまで神経質にされなくてもいいのではないでしょうか。
どうしても問題と思われるなら、交通費を現金でなく、会社で定期を購入する現物支給に切り替えられたらどうでしょうか。

アドバイス大変ありがとうございます。問題ないということで少しほっとしました。実はこの程度も許容できないとなると社員の士気維持にも影響するのではないかと思っていたところでした。