退職金から会社立替金を相殺することについて

> 会社の給与担当者です。育児休業中の社員が退職しますが、育児休業前に欠勤控除できなかった会社立替金について退職金と相殺しようと検討していますが、問題ないでしょうか？
>
> 退職金額が　概算130万円　で　会社立替金額が２７万円程度です。
> どなたか　詳しいかたいらっしゃいましたら　ご教示ください。

原則、全額払いが正しいはずです。
可能なのは法定控除、すなわち所得税及び住民税などの法的なもの、
及び労使協定で認められたもの以外は控除できません。
労使協定で認められていれば控除できます。
認められていなければ立替金であっても、いったん全額（税金控除後）支払った後返金してもらう、又は退職金とは関係なく立替金を請求することとなります。