フレックスタイムについて

何を除外して、除外した物をどうされたいのかわからないので、確答しかねるのですが。

法定休日以外の休日を法定外休日と言い、それぞれの休日になされた勤務時間のあつかいが違うのです。

法定休日は週１の休日であり、その日以外の週日（6日）は、勤務日か法定「外」休日か、となり、その6日間の労働は法32条の日8時間、週40時間の枠内で監視されます。その枠をはみだしたのが、時間外労働となります。

フレックス（法32条の３）は、法32条の例外として、同条を変形させて働かせることができるので、週6日のうちの、勤務日であれ、法定外「休」日の労働であれその労働時間を除外されてしまうと、フレックスの月間累計労働時間に積みあがっていかないことになり、法32条の原則を満たしているか、いいかえると時間外労働があったのか判別のしようがないのです。

１カ月のﾌﾚｯｸｽﾀｲﾑ期間の内、平日(月～金)をﾌﾚｯｸｽ対象にし、会社が週休２日(土日)
なので、土曜・日曜・祝日はﾌﾚｯｸｽ勤務でなく、出勤する場合は通常勤務時間帯の出勤
にするという意味で除外という言葉を使いました。

補足ありがとうございます。理由は、先に書いた通りです。そういった運用は認められません。

逆に、平日勤務はフレックス風に出退自在、そのかわり日8時間、週40時間超過したところから割増賃金つけるものの、休日は始業から終業時刻まで所定労働時間拘束する（もちろん時間外となれば割増付き）、という運用は、有効な締結した36協定の存在、就業規則にことまかに規定してすれば可能です。