年末調整の還付金について

>ちなみに、住宅ローンの控除はなく、配偶者や扶養家族に数年変化はありません。
>また、年収は上がっているのに徴収税額は昨年より少ないです。
↑
これだけ"外堀"が埋まっているなら、手作業で検証してみてはどうですか。
毎月の源泉税が前年と比較してどうなのか、とか。
給与ソフトは利用されているんでしょうけれども、源泉徴収税額表を参照しながらチェックしてみてはどうですか。
こういう場合こそ、担当者の腕の見せどころなのです。これしきのことが自力で解決できるかどうかで優劣が決まるんです。

ご回答ありがとうございます。

税額表と比較しましたがなんらおかしいところは見当たりませんでした。
年収についてはよくよく確認したら前年より５０万少なかったです。

本年より健康保険に加入したのでそれが原因？とも思ったのですが、以前に健康保険に加入していた時期と徴収額や年収に大きな違いはありませんでした。

慣れている方からしたら『たかがこれしきのこと』かとは存じますが、経理が分からず入社して一人ですべて行っているので、調べても分からずここで相談しております。（大変お恥ずかしい話なのですが・・・。）

どうも、つっけんどんな回答になって申し訳ない。

ところで、各月及び賞与２回分（夏・冬だとして）について、課税支給額（通勤手当を除いた額のことです）、社会保険控除額、扶養人数、源泉所得税の４項目の、１４行４列からなる金額表をお示し頂けると回答出来ると思いますが・・・（千円未満を切り捨てた金額でも結構です）。
各月の「標準報酬月額」を付記されるとベターです。

（追記）
>ちなみに、住宅ローンの控除はなく、配偶者や扶養家族に数年変化はありません。
>年収は昨年比200万アップではなく、昨年比50万ダウンです。
> また、今年度は社会保険への加入がありました。
↑
このあたりの記述が気になりますね。
個人の生データを出しにくければ、まずは下記項目をお示し頂ければヒントになるかも知れません。

・「数年変化なし」どころか、役職や給与体系や雇用契約内容などが今年中に変わったとか、はないのですか？
・普通の月給制の人ですか？。年収が50万円も下がったのは、超勤が減ったからでしょうか？。
・およその年収は？賞与内訳は？
・控除対象配偶者の有無や扶養親族の数はどうなっていますか。
・年末調整の結果、この人の所得税率（一番高いところ）は何％ですか（40%?、33%?、23%?、20%?、10%?）。
・賞与の税率は何%でしたか。
・11月まで独身で処理し、年末調整で扶養数を初めて入力した、なんてことはありませんか。
・社会保険の標準報酬月額は何万円ですか。１月から同じですか？
・ところで、本件ご質問の12月8日時点で年末調整作業を終えられた、ということですか。ちょっと早いような気がしますが・・・。