お金の支払い期限はないのでしょうか？

個人的見解です。
交通費の支払先と、支払いについての協定書（契約書）はないのでしょうか？
あるならば、その規程に則った支払サイクルが通常かと思いますが…。

通常経費の支払いでも「三ヶ月先」って、長過ぎると思いました。
社長の顔で「掛け」が長くても良いお取引先という事なのか、催促しても支払ってくれないと諦められているのか、どっちにても御社はあまり良くない印象でしょうね。

また、社員に対してもそのような支払いっぷりは、良くないと思います。
が、解決策と問われたら…これこそ、各企業それぞれなので…。

社長が退任するのを待つ？？
自腹は、辞めましょう!!
社長の思う壺では？
経費削減の意図も感じられます。

客観的にみて、資金難（経営難）のようにも見受けられますが…。
お取引先も、そう解釈しているかもしれませんね。

早速のご意見ありがとうございます。
私自身も中途入社して驚いております。そして会社の就業規則は存在しません。何かあれば社長はネット検索で決めています。
社長は、10名以下なので就業規則はなくても違法と言う認識はありません。
社長に意見すれば、個人的に罵倒やイジメの対象となるため、社員は無関心という状況です。
それからotope&okape さまのおっしゃる通り、社員への支払だけでなく、外注先や仕事先（主に媒体社）からも未入金の催促の電話が毎週どこからかきます。社長命令で電話も取り次がないように言われています。
こんな状況です。どこに相談すべきなのか。また現状では相談してもしょうがないのかと悩んでいます。

どこにも相談する機関が無いような案件ですよね。
税務署・労基署等が監査に入ったところで、指摘出来る類の案件ではないと思います…。
社内の事。
社長の俺様ルールしか存在しない世界であり、介入できる機関は無いかな。
強いて言うなら、担当の会計事務所から「支払いはなるべく早めに…。掛けは早めに精算して、決算を迎えましょう」とアドバイスしてもらえるくらいでは？

当社も、俺様ルールっぽい部分はありますよ。
社員の通勤費は、社長のさじ加減!!
同距離なのに　月2000円　の差があります。
給与も出勤日数により、総支給で見て、多い少ないと加減する!!
働いてもいないのに、手当を付けて支給する。
「社内禁煙」を自ら破り吸う!!
そして吸殻を窓から敷地内にポイ捨て!!
等々、うんざりします。

言っても無駄だと思い、無心で対応しています。
あいにく、当社は程なくして代表が変わる予定なので、時を待っております。

この会社に留まるおつもりならば、「無心（諦め）」をお薦めします。

削除されました

常識的にありえない状態かと思います。
社員の立て替え交通費の清算（営業時の電車・バス等ですよね？）を伝票提出から３か月とかって、聞いたことないです。せいぜい今月苦しいので、次の入金のある月初までまってくれとかが最大限の譲歩でしょう。
得意先への支払も滞っているとのことですが給料は毎月所定の日に支払われているのですか。破綻の一歩手前のように思います。長い間そういう状態だとしたら、手形なし、銀行借り入れ少なく社長の資産で会社を運営しているケースかもしれませんね。
ともかく、他の会社ではあまり例がないと思います。

otope&okape さま、ありがとうございます。
そうですね。現在の会社に留まるつもりはないので転職活動に専念します。