傷病手当金の受給について

どちらが受給可能かは、退職時期によって違いますし、
（4/1から改正になるため）
どちらが得になるかは現在の標準報酬月額と、加入している健康保険の平均標準表集月額によって変わりますので、
ご質問に書かれている情報だけでは、どちらがいいか答えることはできません。
ですので、とりあえず、概要だけお答えしておきますね。

まず、任意継続被保険者の傷病手当金は、4/1からの改正によって廃止されます。
したがって、退職が4/1以降になる場合は、任意継続被保険者としての傷病手当金はそもそも受給できません。
ただし、3/31時点ですでに任意継続被保険者としての傷病手当金を受け取っている場合は、経過措置が適用になり4/1以降も継続して受給できます。

また、資格喪失後継続給付は退職時の標準報酬月額によって算定されるのに対し、
任意継続被保険者の場合は、任意継続被保険者としての標準報酬月額が適用になります。
任意継続被保険者の標準報酬月額は、退職時の標準報酬月額と、その健康保険の全被保険者の平均標準報酬月額のうち、どちらか低いほうが適用になりますので、現在の標準報酬月額が平均標準報酬月額を超えている場合は、任意継続被保険者になると傷病手当金の受給額が下がることになります。
たとえば、政府管掌健康保険の場合、現在の平均標準報酬月額は28万円ですので、退職時の標準報酬月額が30万の方の場合、
資格喪失後継続給付なら、30万÷30日×0.6＝6000円
任意継続被保険者なら、28万÷30日×0.6＝5600円
と、上記のように差が出てしまいます。
在職中の標準報酬月額が平均標準報酬月額より低い方の場合は、どちらも在職中の標準報酬月額で算定されますので同額です。
ちなみに、資格喪失後継続給付と任意継続被保険者としての傷病手当金の両方の受給資格がある場合、
現行法では任意継続被保険者としての受給のほうが優先されます。
受給者が選ぶことはできません。

なお、任意継続被保険者にならない場合は国民健康保険に加入することになりますので、
これらの保険料も考慮されたほうがいいと思います。
資格喪失後継続給付のほうが受給額が高かったとしても、
国民健康保険に加入して、そちらの保険料が割高だったら、トータルで考えると損をする場合もありえますので。

ご丁寧な回答、有難うございます。
先日、会社と話し合いをし、休職を3ヶ月延長し、６月中に復職か退職かの判断をすることになりました。
どうもありがとうございました。