職員からの労基署への申告、その後の流れとは？

①　聞かれた噂は、真実を突いていると言えるでしょう。
　労基署へ申告した際、申告者の氏名を秘匿してくれと言わなくても、署員は秘匿します。

②　会社は、犯人捜しのつもりで申告者を探し出します。何百人も１カ所で働いていないのですから、当たらずといえども遠からず見当が付きます。会社が申告者の氏名を知るならば、何かの形で申告者に不利益になることをするでしょう。

③　お説の通り、例えば残業代不支給が判明したならば、１人に留まらないでしょうし、過去２年分は時効に掛からないので、会社の負担額は経営の根幹を揺るがすこともあります。
　私が知った例では、結局２カ月分程度しか手にすることができなかったし、運送会社が倒産し職場も失ったと言うことがありました。

④　そのように、申告者としては、危ない橋を渡ったのに比べたら割に合わない結果になる恐れもあります。
　
⑤　では署に申告しないで、やにわに裁判に掛けたらどうでしょうか。
　私見ですが、署へ申告するに比べ倍する時間と手数と費用を要するでしょう。
　しかも、最初から完全に顕名です。原告の氏名を秘して訴訟を提起できません。

⑥　申告するからには、氏名を秘匿することを署に確約させても、会社は犯人捜しをする、その結果在職しにくくなる、うまく行っても他の労働者も申告の利益に預かれる、これらはほぼ間違いないでしょう。
　自分だけが上手いことをしようとしても、そうは問屋が卸さないと思います。

⑦　総務の森の閲覧者は回答に責任を持ちません。署がどのように動くか、それは署に聞いて下さい。

裁判への提訴は国民誰もがもっている権利と言えますが、裁判になれば氏名不詳では民事裁判は不可でしょう。

労基署はまず相談という形で受け付けます。匿名を希望されるならその旨申し出るといいと思います。そこから先はあまりに分岐が多くて簡潔には書けません。

まず当人がどうしてほしいのかが聞かれます。次にその事実があるのか（思い込みも少なからずあるとのこと）、その事実を確認するものがどれだけあるのか、事実が確認できたとして、当人の希望にどれだけ叶えられる可能性があるのか、など役所担当者と当人の間でやり取りがあるわけです。こうしたことがトントンと進む場合もあれば、事実を確認できるものが少ないためどういう方法があるかなど時間はケースにより異なります。

また指導・局長助言・あっせんなどがありますが、いずれも裁判での判決のような強制力はありません。

相談をしたからといって、次に進まねばならないものではありませんから、裁判はちょっと、ということであれば、とりあえず相談されてはどうでしょう。

刑事と民事の違いでしょう。

労働基準監督署は、最低基準の労働条件をみたしていない使用者を、刑事処罰するぞという圧力のもとで、あなたがきいたところの３カ月の未払いを支払うことをもって、立件しない、使用者の順法意識をうけつけることに主眼があります。それであなたの懐がうるおうのは、副次作用でしかかりません。

働いた分の賃金支払う、という民民間の取り決めの実現は、あなたがする使用者との個別折衝にはじまり、らちが明かなければ、最終的に国家権力の司法機関、民事裁判所の力をかりて実現するというものです。そのためには勝訴判決をとりつけねばなりません。この道筋には、行政の一端である労働基準監督署は、いっさい関与しません。労基署に相談に行けば、こういう道筋もありますよ、というアドバイスくらいはしてくれます。その中で、裁判でなくても、労働局のするあっせんをすすめられることもあります。ですので、あなたがどう動くかということになります。

役所は民事に介入しないものの、刑事案件であれば、今かかえている案件の重要度に応じて最優先案件になるか、一番下っ端の山積みの下になるか、ということになります。後者については、他のかたからも相談がよせられていて、あなたの来訪が最後の一押しになる、ということはありえます。