住宅手当について

最初にお断りしておきますが、設問の内容についてはあまり詳しくありません。わかる範囲での記述となります。ご理解ください。


前提条件から判断した場合、未払い分は遡及して当事者に支給しなければならないと思います。ここで、問題となるのは、いつまで遡及したらよいかということだと思います。
これについては、住宅手当の支給が就業規則等において明記されている場合、当該住宅手当は賃金と解されるため、賃金の消滅時効２年が適用され、２年前までさかのぼり会社は当事者に支払い洩れに相当する分を支払わなくてならないでしょう。もちろん、２年以上前の支払い洩れが有る場合、最初のときまでさかのぼって支払うことは差し支えありません。
（あまりないとは思いますが、）住宅手当が賃金とみなされない場合は、一般債権の消滅時効10年が適用されることになるかと思います。
なお、住宅手当は課税対象ですから、所得税の分を控除することになりますが、遡及措置をとった場合、所得税相当分のお金をどうしたらよいか私はわかりません。

早速返信を頂きまして、ありがとうございました！