パートの給料の計算方法について

まず、労働時間について。
1分単位で把握し、支給する必要があります。
ただし、支給対象となるのは「労働時間」であり、会社にいた時間とは違うこともあります。
ご記載の例だと、その時間が労働時間なのであれば、30分は所定時間外労働（広義での残業時間）となります。

次に割増手当についてです。
法的に割増が必要となるのは、
①1日8時間を超えて労働した分
②週40時間を超えて労働した分（但し①を除く）
①と②の時間に対しては割増が必要となります。
ただし、貴社において法を超える取扱いをする場合はそれに従います。

>従業員のときと同じように月の残業時間合計を1時間単位でしてもいいのでしょうか？
この部分は意味がよくわかりません。
端数について、月の合計で30分未満切り捨て、30分以上切上げとする処理は認められています。

こんばんは。

> 契約で10時～12時（時給2000円）となっている場合、9時55分～12時25分とかだと30分はみ出ているので、残業扱いになるのでしょうか？

契約している時間以外で労働しているのであれば、残業になりますね。
9:55～10:00の労働分、12:00～12:25の労働分の賃金の支払いは必要です。


> 残業扱いの場合1.25しないといけませんか？

1日8時間内、週で40時間内ですから、割増は必要ありません。


> 従業員のときと同じように月の残業時間合計を1時間単位でしてもいいのでしょうか？

できません。
１か月単位で労働時間をまとめることができるのは、時間外労働、深夜業、法定休日労働についてになりますので、そうでない部分はまとめることはできません。
１分単位で集計して支給してください。