創業者との企業継承トラブルについて

こんにちは、

すべてにお答えできませんので、経験上分かるものだけアドバイスします。
前提条件３について
　通帳・キャッシュカードは、代表取締役であれば紛失・再発行で創業者所持の物を無効にすることは可能です。これでトラブル５の現金の払出はできなくなると思います。
トラブルのいくつかで会社の代表印や印鑑証明書が必要になることをしているとありますが、なぜ自由に使えるのでしょうか。どうしても阻止するのであれば、実印を創業者がお持ちでないものに変更すれば、そのような取引も勝手にはできなくなると思います。
状況が明確に分かりませんので参考にしてください。

ご回答いただきましてありがとうございます。

通帳・キャッシュカードについては近々銀行に紛失届を提出し無効することになりました。会社の本籍地も変更することにしたため、現在法務局など各所へ手続きを進めいているところです。

トラブルの中に代表印や印鑑証明が必要なものが確かに存在します。これに関してはどうやらトラブルが起こる前、まだ関係が良好だった時に手続きで必要になった印鑑証明を使い実印を複製をしていたようで、印鑑はそれを使われてしまいました。印鑑証明は私も懇意にしている司法書士の先生に会社上の手続きで渡すからと言われ本人に送ってしまいました。
使用用途を具体的に聞くこともしましたが、創業者は以前より質問に対ししっかりとした回答を返さない会話の下手な方でして、印鑑証明を渡してしまった時もそうでした。しかし、当時はまだ信頼関係があったので妙なことはしないだろうと思ってしまい渡してしまいました。

会社の実印や創業者の実印、その他会社の重要な書類等はすでにすでにこちらで預かっており、通帳とキャッシュカードだけ渡していただけない状態です。
正直、創業者が何をしたいのか全く分からず非常に困っています。その一方で、以前は良好な関係を築けていて、その際はとてもお世話になった人物でもあるので、通帳等を取り上げる形となっていることに、本当にこれでいいのかと倫理的に悩んでいるところであります。