正社員の自己都合退職

民法627条は、2週間たつと退職の申し出の効力が発生すると定めています（完全月給制の場合は、例外あり）。
これは、2週間待たなければ辞められないという意味ではなく、2週間おけば使用者側からの損害賠償請求ができなくなるという意味です（※絶対にありえないとは断言できない、現実には嫌がらせ的に損害賠償請求を行うケースもあります）。
このことから、就業規則で「労働者は30日前に退職を申し出なければならない」と定めていても、退職願を提出して2週間を経過すると使用者の承諾がなくても原則として退職の効力が発生することになります。

問題は就業規則の後段「退職日以前２週間は就労しなければならなく…」ですよね。有給の消化に絡んでくる。
有給休暇の取得は労働者の正当な権利であり、有給休暇の取得理由により、取得を制限する事はできません。有給休暇は一定の条件を満たせば自動的に付与される権利ですので、「1年間就労することを条件にその年度の有休が付与される」という解釈はできないからです。
職場の雰囲気等を考慮してどうしても有給休暇の取得を防ぎたいので、事前に就業規則に退職金の減額規定を盛り込んだ、といったところでしょうか。
直ちに違法とはいえないと思われます。
なぜなら、就業規則に則り、休職命令を出し、休職手当（平均賃金の100分の60）を支給して退職前の有給消化を防ぐ手法を有効とする例もあるからです。もちろん事前に就業規則等に盛り込まれていることが前提ですが。

社労・暁（あかつき）様

早速、ご回答賜り、誠に有難うございます。
やはり、すっきりしない規定なのですね。
会社側に、修正をお願いしてみます。