適用除外者の36協定の上限時間数

36協定は、協定を結べば際限なく労働時間を延長できるというものではなく、
協定による延長時間には制限が設けられています。
ただし、適用除外対象として「新技術、新商品等の研究開発の業務」などが含まれますので、
お問い合わせのような「新規製品の開発設計を行っている従業員」については、限度時間の適用はありません。
したがって、極端な話、どのような時間数を規定してもかまわないことになります。

とはいえ、事業者には、労働安全衛生法に基づき、労働者の健康保持増進を図るための措置を継続的かつ計画的に実施する義務があります。
労働基準局から出された「過重労働による健康障害防止のための総合対策について」（基発第0317008号平成18年3月17日）という文書では、
「月４５時間を超えて時間外労働を行わせることが可能である場合であっても、事業者は、実際の時間外労働を月４５時間以下とするよう努めるものとする。さらに、事業者は、休日労働についても削減に努めるものとする。」とされていますし、
「時間外・休日労働時間が１月当たり１００時間を超える労働者（①に該当する労働者を除く。）又は時間外・休日労働時間が２ないし６月の平均で１月当たり８０時間を超える労働者については、医師による面接指導を実施するよう努めるものとする。」というような記載もあります。

確かに、適用除外に該当する従業員ですから協定の延長時間を拡大することは可能ですが、
残業時間が100時間の従業員がいるからというだけの理由で安易に延長時間を拡大するのは、
政府の推奨する「労働時間の削減」に努めていないと見なされても仕方がないように思います。
こういった行政の指針を踏まえたうえで、
慎重な判断がされるべきではないでしょうか？
適正な処置を怠ったために過労死などの労災事故が起こった場合、
当然ながら、事業者側の管理責任が問われることになると思いますよ。

【参考】
「過重労働による健康障害防止のための総合対策について」（基発第0317008号平成18年3月17日）
http://www.mhlw.go.jp/topics/bukyoku/roudou/an-eihou/dl/ka060317008a.pdf

回答頂きありがとうございます。

ご指摘の事項を考慮しながら、進めたいと思います。