年末調整について

> 他にもう一社かけもちで仕事をされている方が入社されました。２つかけもちで就業している事を知った場合は、年末調整をせず、源泉徴収票を渡して来年本人が確定申告をすると聞いたのですが、なぜでしょうか？
> なんとなく意味は理解できるのですが、はっきりわかりません。よろしくお願いします。

年末調整の際には、基礎控除分等を差し引いて所得税額の計算をしますよね？
もし2社かけもちの場合に両方で年末調整ができてしまうと、
基礎控除分が二重に適用されることになってしまいますから、
片方にしか「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出できない＝片方でしか年末調整は受けられないことになっているんです。
したがって、2社掛け持ちで勤務している場合は、
1社に「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出して甲欄で徴収＆年末調整、
もう1社では「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出せずに乙欄で徴収＆年末調整はなし、
ということになります。
そして、所得税は会社ごとの所得ではなく、総所得に対して税額が決まる仕組みですから、
双方の会社での所得を合算して正しい所得税額を計算するために、
確定申告をする必要があるわけです。
（乙欄は徴収額が大きいですから、たいていの場合、確定申告をすれば還付になります）
ご質問のケースでは、すでに別の会社で勤務しておられるようですので、
そちらに「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出されているはずですから、
貴社では乙欄で源泉徴収して年末調整は行わず、年末調整がされていない源泉徴収票を発行することになるかと思います。
（念のため、ご本人にもう1社のほうで「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出しているかどうかをご確認ください）

なお、2社の両方で健康保険や厚生年金の強制加入要件を満たしている場合、
どちらか片方の会社でのみ加入することになりますが、
その場合の標準報酬月額は二社分を合算して計算しなくてはなりません。
また、時間外労働の割増賃金についても、双方を合わせて考えなくてはなりませんので、
こちらもご注意くださいね。

Mariaさん、早速に丁寧で行き届いた説明ありがとうございました。非常に参考になります。
説明を読ませていただき、また疑問が出てきました。
他社で健康保険・厚生年金保険に加入済みですが、当社に勤務することにより、勤務時間が他社より当社の方が長くなった場合は、当社で加入しなおすべきでしょうか？
またその場合は、どういう手続きをすればよいでしょうか？
よろしくお願い致します。

> Mariaさん、早速に丁寧で行き届いた説明ありがとうございました。非常に参考になります。
> 説明を読ませていただき、また疑問が出てきました。
> 他社で健康保険・厚生年金保険に加入済みですが、当社に勤務することにより、勤務時間が他社より当社の方が長くなった場合は、当社で加入しなおすべきでしょうか？
> またその場合は、どういう手続きをすればよいでしょうか？
> よろしくお願い致します。

まずは、強制加入要件を満たしているかどうかが重要です。
短時間労働者の場合、健康保険・厚生年金に強制加入となる要件は、
「1日の所定労働時間と月の所定労働日数の両方が、一般従業員の概ね3/4以上であること」です。
この条件を満たしている場合、貴社でも強制加入ですから、
たとえ貴社での就業時間のほうが短い場合であっても、
「被保険者所属選択・二以上事業所勤務届」を提出する必要があります。
（書類の名称は保険者によって若干違うかもしれません）
上記の書類の提出により、他社の健康保険に加入するか、貴社の健康保険に加入するか選択したうえで、
標準報酬月額は他社と貴社の給与を合算した額で決定し、
保険料は他社と貴社が按分して負担することになります。
もし貴社で現状は強制加入要件を満たしていないのでしたら、
要件を満たすことになった時点で上記の手続きをなさってください。