欠勤控除、時間外手当等の計算式について

労働基準法の定めは最低基準ですので、欠勤控除は不利（というより不当）から有利（というより最低基準をクリア）に、時間外労働は有利（労働者優遇）から不利（最低基準）に変わるわけですから、変えるにあたって労働者代表と合理的な説明をもって同意を得る必要があるでしょう。

欠勤控除は残業ほど頻発しているならともかく、そうではないでしょうから、今回の変更が両者対等とは言い切れないでしょう。


労働契約法
（就業規則による労働契約の内容の変更）
第９条 　使用者は、労働者と合意することなく、就業規則を変更することにより、労働者の不利益に労働契約の内容である労働条件を変更することはできない。ただし、次条の場合は、この限りでない。

第１０条 　使用者が就業規則の変更により労働条件を変更する場合において、変更後の就業規則を労働者に周知させ、かつ、就業規則の変更が、労働者の受ける不利益の程度、労働条件の変更の必要性、変更後の就業規則の内容の相当性、労働組合等との交渉の状況その他の就業規則の変更に係る事情に照らして合理的なものであるときは、労働契約の内容である労働条件は、当該変更後の就業規則に定めるところによるものとする。ただし、労働契約において、労働者及び使用者が就業規則の変更によっては変更されない労働条件として合意していた部分については、第１２条に該当する場合を除き、この限りでない。