完全週休２日じゃない場合

> その場合、1ヶ月の変形労働と考えていると思うのですが、

勤務予定表なり、出勤日が月初に特定されていれば、そうでしょう。


> 1週6日（7.5h×6日）の場合は、1週40時間ではなく、45時間以上になった時点で36協定のカウントに入ってくるのでしょうか？

そのとおりです。


> ①1日8時間を超えたものはすべて時間外労働　⇒　②　①を除いて、週40時間以上になったものが時間外労働　という優先順位と考えたらいいでしょうか？

変形労働時間制なのですから、日または週における法定労働時間と所定労働時間のいずれか長い方を超えた時間をカウントします。カウントの仕方はこの掲示板の随所に書いてありますので検索してみてください。


> 週40時間の中に法定休日の休日労働があった場合も含まれると思うのですが、週の最後に法定休日があり労働した場合に、休日労働のところで40時間をはみ出ても、「休日労働なので時間外労働としてカウントしない。」というのであっていますか？

後半があっていて、前半が間違っています。そもそも法定休日労働は法定労働時間の週４０時間・日８時間にカウントしませんので、「時間外労働」に上がってきようがないのです。法定休日労働は、まるまる法定「休日労働」時間としてカウントし、まるまる135％休日割増賃金の対象です。