年次有給休暇日の出勤について

こんにちは。
質問者様の年次有給休暇に対する理解が間違っている為、質問自体が理解し難いものになっています。よって、正しく回答ができていないかもしれませんがご了承ください。

最初に、年次有給休暇について簡単に説明します。
年次有給休暇とは、指定した日（0～24時）の労働を免除されるが、所定労働時間を就労したとみなすものです。よって、休日については所定労働時間そのものが無い為、年次有給休暇を使用することができません。
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＞年次有給休暇を取得した日に　数時間労働した場合
＞不就労の時間については休業手当の支給が必要で
＞労働時間に対する賃金の支払いが平均賃金に60/100に満たない場合は
＞その差額の支払いが必要となるという事ですが

この文を理解し回答する為に、前提を記載したいと思います。
まず年次有給休暇に労働した時点で、年次有給休暇を取得できていないことになります。よって、年次有給休暇を取り消し、通常の勤務として扱っていると考えられます。その上で、不就労の時間に対して、休業手当を支払うという話と思われます。

話を整理すると、「年次有給休暇を取り消し、会社が早く帰らせた分に対して休業手当を支払う。」という事かと思われます。ちなみに、休暇を与えていないのにも係わらず、年次有給休暇を消滅させる行為は違法です。

＞たとえば半日有休の制度がある場合　労働者の同意のもと半日有休に切り替えたとして
＞この場合の　年休でなくなった半日分の賃金の支払いはどのように考えたらいいでしょうか？

半日有給の制度の場合は、所定労働時間の半分について労働が免除されるが、就労したとみなすものです。よって残りの半分は通常の就労日（時間）となります。その時間を会社が休ませた場合は上記同様休業手当を支払う事になりますが、本人が単に休んだ場合は欠勤となります。

＞また、これまでこのようなケースがあった場合　法定休日以外の休日出勤として働いた
＞時間分を休日の割増賃金を払って　有休処理していましたが　これは労基法上違法でしょうか？

年次有給休暇中に労働した時間に対して割増賃金を支払っていたという事で回答します。
年次有給休暇を使用していない場合については、割増賃金を支給した点は社員の不利益になっていないので問題はありません。しかし、年次有給休暇を使用していた場合は休暇を与えていないのにも係わらず、年次有給休暇を消滅させているため法に抵触します。

よって、今回の問題点となるべき点は、年次有給休暇中に就労させた事です。今後、年次有給休暇中に労働させない事を徹底することが一番良い解決法かと思われます。

回答ありがとうございました。

アドバイスいただいた通り　年次有給休暇中に　労働させないことで徹底できるようにしていきたいと思います。