社内貸付金

ご質問の免許取得補助方法は難しいと思います。
運送業界をはじめ　同様の取得補助制度はありますが、概ね　取得期間にかかわらず全額返済を求めています。
もし、返済を免除とするとその返済分は社員への賞与、手当などとして所得税法上の給与とみなされるでしょう。
あくまで、金銭にかかる貸借契約で行うことが賢明でしょう。

貸借契約に関して同意書を得て、毎月給与控除して行く予定ですが、返済途中で退職となった場合の残金は取り立て可能でしょうか。

可能です。
概ね、退職時あるいは解雇など生じた場合、下記条件を定めているでしょう。
＜即時返済＞
第15条 借入者は、次の各号のいずれかに該当するときは貸付金の残額全部および利息の過不足を調整し、その総額を速やかに返済しなければならない。
1.退職または死亡したとき
2.破産の宣告を受けたとき