育児時短勤務と妊娠通勤緩和の併用について

こんにちは。

通勤緩和や短時間勤務はノーワークノーペイの原則から、時短分は無給で良いことになっています。今回の質問からは、有給無給が明確に記載されていませんが、文脈から
通勤緩和　→　1時間有給
短時間勤務→　（3歳未満）2時間有給、（3歳以上）1時間有給＋1時間無給
となり、法令以上に給与を支給している恵まれた状態である事を前提にして回答します。

どのように記載されているかで、判断が変わることがありますが、今回の質問の内容からだけで回答すると、会社の対応は間違っていません。

両方はダメと言われたということですが、「1時間＋2時間＝3時間」もしくは「通勤緩和の有給1時間＋短時間勤務の有給1時間」がダメという事ではないのでしょうか？
ご存じとは思いますが、「通勤緩和は義務」で「3歳以上の短時間勤務は努力義務」になっています。よって、短時間勤務は努力義務であるため、会社の裁量が認められます。

仮に併用不可と記載されていないから、という理由で併用した場合でも、
①通勤緩和1時間（有給）を優先取得。
②通勤緩和を含めた2時間の短時間勤務を取得。
③有給部分を重ねることによって「1時間有給＋1時間無給」。
ということになり、結果として現状と変わらないことになります。

「あり得ないことではないと思うのです。」とありますが、会社の人もおそらく分かっています。
現実は、様々なケースがあり、すべてのケースを就業規則に記載できるわけではありません。今回は、上記の様に現在の規則に反することなく、（すでに法令以上の状態のため）労働者が不利益を被ることもありません。
今回が初めてのケースだったということですので、今後、細則等に記載するか、規則に明記すればよい事例かと思います。

回答ありがとうございます。
すみません、私の説明が不足してました。納得出来なかったのは有給か、無給かという議論ではなく、法律によってそれぞれの義務と明記されているなかて、会社として就業規則に明記しています。無給だとしてもそのなかでどちらかしか適用されないということに納得できないとおもいました。私は二時間の始業、終業の各一時間ずつの時短勤務をしておりますが、他には帰りの終業だけ一時間時短勤務をしている人がいます。仮にその人が妊娠したとして、つわりがひどく医師からの診断書をもらっている状態で、妊娠通勤緩和申請が認めないというのはおかしいとおもうんです。何度も言いますが、無給だとしてもです。この場合、通勤緩和は義務で男女雇用機会均等法 法第13条に記載されている通り
事業主は勤務時間の変更、勤務の軽減等必要な措置を講じなければなりません。
となっているのにそれを適用していないことにはなりませんか？？
私は無給覚悟で一時間多く時短勤務をしていますし、当社が他社より恵まれた環境であることは承知していますが、上記の様なケースの場合もあり、無給か有給かという議論より二つを併用できませんと言った会社の回答に納得がいかなかったのです。もし、両方適用できるけど、有給は一時間しか適用されないという言い方なら納得はできます。

話しがいろいろ混同しているようですので整理すると、

○措置義務について
先述した通り、３歳以上の時短勤務は努力義務です。よって、会社が通勤緩和と（３歳以上の）時短勤務を併用しないとすることも可能です。今回、初めてのケースで、会社の判断は併用できないとしたわけです。
よって、あなたは①通勤緩和（有給１時間）②時短勤務（有給１時間＋無給１時間）のいずれかを選択できることになります。どうしても通勤緩和を取って２時間休みたい場合は、③通勤緩和（有給１時間）＋欠勤１時間」または④雇用契約を見直して８時間勤務→７時間勤務に変更することも可能です。
自分で①を選択肢から外したのであれば、会社を責める理由はないことになります。

○「仮に～」について
すでに短時間措置を取っているとして、対処済。もしくは通勤緩和を、出退勤時間やルートや通勤方法の変更で対処も可能かと考えます。
ちなみに、法令を超える様々な短時間措置によって６時間／日を常態的に満たない状態となった場合、社会保険の加入要件から外されることもあります。（悪用すれば短時間勤務でも加入させることができてしまうため）

いずれのケースも、法に則って通勤緩和措置を取っています。ただ、労働者がそれ以上に優遇されているその他の措置を選択しているだけ、と考えます。

ちなみに、すべてのケースを就業規則に記載することはできません。
様々なケースがある事を今回のケースを例に具体的に記載すると、
①「育児短時間勤務・育児時間・保育時間・早出遅出勤務・保健指導等による業務変更・通勤緩和など」について、それぞれの要件及び有給無給を取り決める。②それぞれの併用について及び併用した場合の有給無給について。③要件は子単位か労働者単位か。（複数の子で重複可能かどうか）④休職や退職が絡んできたときについて。⑤法令以上の短時間勤務にした時の各種手当や退職金等の調整や人事等の処遇について。⑥法令以上の短時間勤務による社会保険等の加入要件を満たさないケースについて。⑦法令以上は任意ですので、育児の対象を実子のみか孫や親戚も対象かにするかどうか。⑧事実婚や離婚や再婚のケースはどうするかどうか。などなど
当然、これ以外にもあり得るケースはいくらでもありますし、複合的に関わるケースもあります。さらに、関連法令も常時改正されています。
よって多くの会社は、レアケースについてはその時になってから、法令に反しないように運用の決定及び規則等の変更を行っていると考えます。