通勤費の支給単位について

> 現在は、通勤定期代を1ヶ月ずつ給与と一緒に支給しています。が、3ヶ月ずつ、または6ヶ月ずつ購入しているのが現状なので、3ヶ月単位で支給したいと経営者は考えています。この場合、社会保険料の手続きなどはどのようにすればよいのでしょうか。

健康保険・年金・雇用保険などの報酬算定基礎には通勤費も含めて計算するので、３ヶ月単位で支払う場合は３ヶ月定期代を３で割り返した金額を各月の交通費に計上すれば良いです。（端数は最終月に付加）
なお、給与計算時は支給通勤費を２つに分けると良いかも知れません。
①１番目通勤費を社保の計算対象外にする。
②２番目通勤費を社保の計算対象にする。
③２番目通勤費は同額を控除する。

例：3ヶ月定期代が40,000円だった場合。

１ヶ月目
支給　通勤費１　40,000円（社保計算対象外）
　　　　通勤費２　13,330円（社保計算対象）
控除　通勤費２　13,330円（通勤費２を控除）

こうすると、実質３ヶ月定期代だけを支給することになり、社会保険の報酬算定時も計算しやすいはずです。
なお、２ヶ月目以降は以下のとおり。

２ヶ月目
支給　通勤費１　 　　　0円
　　　　通勤費２　13,330円
控除　通勤費２　13,330円

３ヶ月目
支給　通勤費１　 　　　0円
　　　　通勤費２　13,340円（端数処理）
控除　通勤費２　13,340円


分かりにくかったらすいません。

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とってもわかりやすく教えていただきありがとうございました。

ただ給与計算をする立場から見ると、ちょっと煩雑な操作をしないといけないですね。