貸付金であり、その利益を労働者が享受しています。仮に3年以内の退職を希望する場合、その債務を履行するに過ぎず、会社側に不当な請求をされる性質の契約でないため、賠償予定の禁止(法16)には抵触しません。ただし、返済方法について退職時に多額の貸付金の一括返済を求めるものであり、他の選択肢が無い場合に、『足止め策で無い』との主張に合理性を欠くものと思われるので、注意が必要と考えます。
また、会社側が債権放棄をした時点で労働者側に利益が生じるため課税対象となるものと考えますが、給与所得ではなく、雑所得としての性格が強いと思うので、専門家の方の回答を伺いたく存じます。