横から失礼します。ちょっと追加させていただきます。
労基法9条では、労働者には職員、工員、臨時、常用の別を問わず、管理監督者、年少者、休職者など在籍する全てを含みます。
締結後の人員減による変更の届けですが、締結時に要件を満たしておれば、締結後の変更を届け出ることは必要ないようです。
36協定は届け出てからが有効になりますので、できるだけ速やかに届け出ることが必要です。
実務的な取り扱いでは、提出が遅れると、協定届に「あるハンコ」を押されるようです。
今の段階で、成立要件を満たすのであれば提出しておくほうがいいかもしれませんね。