未消化の休日について

> 未消化のまま蓄積されている休日があり、振替休日としての処理も難しいと思われるため、休日出勤手当を申請し、清算したいという意向があります。
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> こういった場合、労働債権の時効＝2年の考え方を適用し、2年を超えた分については、手当を支給しないという回答はできるのでしょうか？
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> また、この「時効」の解釈として、2年を超えた休日については取得する権利も失うということでしょうか？
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> ご教示いただければ幸いです。

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有給休暇には時効はございます。
有給休暇の時効は２年間です。
(労働基準法第１１５条)

有給休暇の請求権は、労働基準法第１１５条の「その他の請求権」に該当します。
年度内に消化しきれず残ってしまった有給休暇は、次年度に繰り越すことができます。
（Ｓ２２．１２．１５　基発５０１号)

　法律で付与されるべき年次有給休暇について、事前に買取の予約をすることによってその日数を減じないし与えないことは禁止されています。
なお、労働者が年次有給休暇権を行使せず、その後時効、退職等の理由でこれが消滅するような場合、残日数に応じて調整的に金銭の給付をすることは、事前の買取と異なるため、必ずしも禁止されていません。

私の以前の会社においても、振休の処理で過去の休日出勤手当ての処理せずに積み立てられていた時期があり（遡及支払いの3年ぐらい前まで）その積み立てられていた分を遡及支払いすることになり、社会保険料の件で社会保険庁に確認しましたことがあります。
社会保険庁の考え方としては、給与債務の支払い時効の２年以前の遡及に関しては、雇用保険の対象から除外できるとのことでした（健康保険等については、遡及分を給与扱いとして通常等級分を支払い）。
これは、社会保険に関する考え方ですが、積み立てられた振替休日に関しては時効になった分までは支払う義務はないと解釈できると思います（当社は支払いましたが）。
また、休日としてとらせるかどうかは会社の判断になると思いますが、今回過去を清算するならばリセットしてしまうのが良いのではないかと思います。

hiroshimakaraさん、Kassyさん、ありがとうございます。

有給休暇についての定めは理解しているのですが、所定の公休を取得していない（振替休日としても取得していない）まま、たまってしまっている分を過去3～4年分さかのぼって「休日出勤手当」として申請したいということなので、判断に迷っています。

社会保険料の件、勉強になりました。

時効の分について「支払の義務はない」ものをどう扱うか、関係者でよく話し合いたいと思います。