代休の半日分割について教えてください

代休を与えることと、割増賃金の支払いについては、きちんと分けて考えるべきです。
これをいっしょくたにして考えるから混乱するのだと思いますよ。

法的には、所定休日に労働させた場合には法に定められた割増賃金を支払ってさえいればよく、
代休を与える義務はありません。
逆を言えば、代休を与えようが与えなかろうが、
所定休日に勤務させた以上は割増賃金の支払義務があります。
無給の代休を与えて欠勤控除することにより、
“結果として”その部分が賃金計算上は相殺されているように見えるだけで、
厳密に言えば、休日労働を代休で相殺しているわけではないのです。
ですから、与える代休の時間が午前と午後で違っていたとしても、
きちんと賃金計算がされている以上は問題ありません。

法定休日に4時間の休日労働をした場合、
午前の代休を取得したときは、
4時間×135％分の賃金を支払い、3時間×100％分の賃金を控除、
結果として、4時間×35％分の賃金＋1時間×100％分の賃金を別途支払うことになります。
時間単価が1000円だと仮定すると、
休日労働に対して4時間×1350円の賃金を支払って、
午前代休に対して3時間×1000円の賃金を控除、
これにより、差し引きで、5400円－3000円＝1400円を別途支払います。
午後の代休を取得したときは、
4時間×135％分の賃金を支払い、4.5時間×100％分の賃金を控除、
結果として、4時間×35％分の賃金－0.5時間×100％分の賃金を別途支払うことになります。
時間単価が1000円だと仮定すると、
休日労働に対して4時間×1350円の賃金を支払って、
午後代休に対して4.5時間×1000円の賃金を控除、
これにより、差し引きで、5400円－4500円＝900円を別途支払います。

代休なのですから、休出に対する法定を上回る支給と、代休に対する明確な控除を規定してあればいいのです。

法定休日なら１３５％の支払、法定外休日における時間外労働にあたるなら、１２５％の支払を、下回らないこと。

控除も実時間の控除となります。

答えとしては、４時間分の１３５％支給、３時間分の１００％控除となりましょう。