試用期間中の給料日割りについて

まずははっきり確認されていない点は会社に確認しましょう。何が正しいのかは、契約や会社の就業規則によりますから。

> 現在使用期間中ですが、雇用契約が、基本給13万で、
> 合計25万になっています。

基本給と合計との差額は何でしょうか?

> 今月もらえた金額が18万です。約6万ほど差があります。
> 年末年始の休暇は9日（土日含む）ありました。

賃金は何日締めですか？
試用期間とのことですが、今回の給与の支給対象期間は雇用開始から丸一月含んでいるのでしょうか？　全期間でないために日割りになっているということはありませんか？

> 契約書には、月額とも日額（？）とも書いてありません。
> 契約する際にもそのような説明はありませんでしたし、
> 基本給は毎月変わらずもらえるものだと思っていました。

契約書にないとのことですが、契約書以外に就業規則や賃金規定などがあるという説明はありませんでしたか？あればそれを確認されて見てください。

グレゴリオさん、ご回答ありがとうございました。
返答が遅れて申し訳ありません。

社長に直接聞いたところ「試用期間中は、日数が20日に満たない場合は日割りでやってる。説明したつもりだったけど、してなかった？」と言われました。
年末年始の休暇（会社は土日祝含まず5日休みでした）が、
欠勤扱いになった・・・というところでしょうか・・・。
私はそんな話しはまったく聞いていません。

> 契約書にないとのことですが、契約書以外に就業規則や賃金規定などがあるという説明はありませんでしたか？あればそれを確認されて見てください。
契約したとき、そのようなことは聞きませんでしたし、言われませんでした。
社長と直接話をした時に、それを見せてもらった方がよかったなと思いました。

会社で、上記のようにしているから、ということで今回は納得して収まりました。
ただ、ホントに聞いていなかったので会社に対する信頼はほとんどなくなりましたが・・・。

労働者を雇い入れる時には、使用者は労働条件を明示し、重要な事項については書面を交付して明示しなければならないと義務付けられています。

http://www.soumunomori.com/column/article/atc-420

雇われる側としては立場が弱く、なかなか確認できない場合もあるかもしれませんが、そのために法律で決めていることですので、これらの条件をしっかり確認しておきましょう。

>会社で、上記のようにしているから、ということで今回は納得して収まりました。

ということですが、後々また問題が起きないとも限りませんので、書類など証拠として残せるようにしておいた方がよろしいかもしれません。給与・手当などの請求は2年間遡って出来ますから。