休日について教えてください

> 営業社員ですが、
> １ヶ月のうち６日までなら、
> 自由にシフトを店舗ごとに
> 組んで自由に休んでいいということになってます。

この内容から推察すると、１日の所定労働時間が７時間の１カ月単位の変形労働時間制をとっているのでしょうか？
１カ月単位の変形労働時間制は、就業規則（１０名未満で就業規則がない場合は、それに準じるもの）で定めをすることが要件ですので、もし就業規則の定めがない場合は１日８時間週４０時間を超えたら労基法３２条違反です。

> ですが、休日が3日等の社員がいます。

労基法では休日は１週１日または４週４日以上必要です。休日労働に関する労使協定が締結され労基署に協定届が出されていれば、その協定の範囲で休日労働は可能ですが、届がされていなければ労基法３６条違反です。

さらに、届がされていても必要な割増賃金が支払われていないと、それも労基法３７条違反ということになります。

自由に休日を決められるということで、社員の方にとってもその方が働きやすいのかもしれませんが、
・１カ月単位で各人の休日予定を申告してもらう
・予定の休日に勤務する場合は、届出制や許可制にする
・予定の休日に勤務する場合は、なるべく別の日に休日を振り替える
などの方法で法律違反を防ぐことが必要ではないでしょうか。
また、仕事により計画性を持たせるキッカケにもなると思います。