入社時・退社時の日割計算

暦日で計算する方法もありますが、所定労働日数で計算するほうが一般的でしょうから、
ここでは所定労働日数で計算する方向で回答させていただきますね。
日割計算については、通常の欠勤控除と同じ形で計算されているところが多いかと思います。
（欠勤控除と同じ計算のほうが煩雑にならずにすむため）
欠勤控除の計算としては、
●月給額－（月給額÷その月の所定労働日数×欠勤日数）
●月給額－（月給額÷年平均の月所定労働日数×欠勤日数）
この2つが考えられます。
前者の場合は、ご質問の①②にあたる「月給額÷その月の所定労働日数×実労働日数」と同じ結果になりますね。
どちらの場合もメリット・デメリットがあります。

前者の場合、所定労働日数が少ない月と多い月で日額が変わってしまうため、
所定労働日数が少ない月に欠勤（もしくは入退社）があると、所定労働日数が多い月よりも1日に対する控除額が大きくなってしまいます。
また、月ごとに日額を計算する必要があるため、月々の計算も煩雑になります。
しかしながら、月ごとの計算ですから、1日も出勤していないのに給与が発生したり、欠勤控除額が月給額を上回るというような矛盾は発生しません。

これに対し、後者の場合は、
年平均の月所定労働日数で計算されますので、
所定労働日数が多い月でも少ない月でも、1日の欠勤に対して控除される額は同じです。
一度日額を計算してしまえば、月々に日額の計算をする必要もなくなります。
しかしながら、この場合、1日も出勤していないのに給与の支払いが発生したり、欠勤控除額が月給額を上回るというケースが発生します。
（たとえば、年平均の月所定労働日数が20日で、その月の欠勤日数が19日や21日だった場合など）
上記のようなデメリットをできるだけ解消するため、
欠勤日数が○日以下の場合は上記の計算で控除し、○日以上の場合は日額×実労働日数分の賃金を支給、
というようにしているところもありますね。

日割計算については、どちらを採用するにしてもデメリットがありますから、
苦情やトラブルの元になりやすい事案です。
就業規則等にきっちりと計算式を規定しておくべきですよ。


【参考】
http://bizplus.nikkei.co.jp/genre/jinji/rensai/jinjiroumuqa.cfm?i=20070817j2000j2

Mariaさん
早速の回答ありがとうございます。
非常に詳しく分かりやすかったです。

やはり、デメリットが無い計算方法は難しいのですね。
●月給額－（月給額÷年平均の月所定労働日数×欠勤日数）こちらの計算方法をベースにデメリット解消法を検討していこうかと思っております。

実は今月退職予定の者がおり、日割計算の計算式を教えて欲しいと言われておりました。
トラブルにならない様明日にでもMariaさんの回答を参考に、上司に日割計算について就業規則で明確にしてもらえるようとりあってみます。

ありがとうございました。