年次有給休暇取得日が属する週の法定労働時間超え等について

労働法上、休日と休暇ははっきり峻別します。

休日は、会社が労働者に労務提供義務を免除する日。
それに対し休暇は、労働日に労働者が休むこと。
休ませる休日と、休む休暇では主体（主語）が違います。
また会社が休日とした日に休暇はとれません。

中段の質問の趣旨が今ひとつくみ取れないので、上の考え方に則って再質問するなりしてください。

最初の質問については、法定休日労働のかねあいもあるので、日曜日が法定休日であると就業規則に特定してあるものとします。すると年休取得した週の土曜日出勤しても、実働した時間数は法定の週４０時間を越えて働いていないことになります。

しかし、時間と支給するお金は切り分けて考えればいいので、土曜日出社に対して、割増のつかない時間単価×時間分の賃金支給をしないと、年休の意義を逸脱することとなります。

最後の質問に対しては、「（会社に）欠勤したという評価はさせない」という意味にとらえるといいでしょう。