変形労働時間制の時間外割増賃金の時間単価

１年変形か１ヶ月変形か、はたまた１週単位変形かはご質問からは分かりかねますが、
基本、法定１日８時間（週４０時間）労働以上の労働をさせる日や週（や期間）を決めておかなければなりません。
しかも労基署（労働基準監督署）への届出も必要です。

ご質問の件での回答をするのであれば、
１日８時間以上とあらかじめ決めた日とか、１週４０時間以上としてあらかじめ決めた週があるのであれば、その決めた時間以上の時間が残業時間として算出されます。（１ヶ月変形）

なお、変形労働制を設定したとして、後から業務都合で労働時間を変える（ある日を４時間と設定したが、忙しくなったから８時間と当日とかに変えるとか）ような制度は、変形労働制とは認められません。
（平成11.3.31 基発168号）

ご質問は、月極給与額から時間外割増賃金の基礎となる時給を求めようにも、月ごとに所定労働時間が変動してるので、いかにしたら？ということなのでしょう。

この場合は、年間所定労働時間をもとめ、１２で割り月平均の所定労働時間とします。各人勤務パターンが不規則なら、各人ごとに求めることになるでしょう。ただし変形期間ごとの許容時数にお気を付けください。

労働基準法施行規則
第十九条 　法第三十七条第一項 の規定による通常の労働時間又は通常の労働日の賃金の計算額は、次の各号の金額に法第三十三条 若しくは法第三十六条第一項 の規定によつて延長した労働時間数若しくは休日の労働時間数又は午後十時から午前五時（厚生労働大臣が必要であると認める場合には、その定める地域又は期間については午後十一時から午前六時）までの労働時間数を乗じた金額とする。
一 　時間によつて定められた賃金については、その金額
二 　日によつて定められた賃金については、その金額を一日の所定労働時間数（日によつて所定労働時間数が異る場合には、一週間における一日平均所定労働時間数）で除した金額
三 　週によつて定められた賃金については、その金額を週における所定労働時間数（週によつて所定労働時間数が異る場合には、四週間における一週平均所定労働時間数）で除した金額
四 　月によつて定められた賃金については、その金額を月における所定労働時間数（月によつて所定労働時間数が異る場合には、一年間における一月平均所定労働時間数）で除した金額
五 　月、週以外の一定の期間によつて定められた賃金については、前各号に準じて算定した金額
六 　出来高払制その他の請負制によつて定められた賃金については、その賃金算定期間（賃金締切日がある場合には、賃金締切期間、以下同じ）において出来高払制その他の請負制によつて計算された賃金の総額を当該賃金算定期間における、総労働時間数で除した金額
七 　労働者の受ける賃金が前各号の二以上の賃金よりなる場合には、その部分について各号によつてそれぞれ算定した金額の合計額
２ 　休日手当その他前項各号に含まれない賃金は、前項の計算においては、これを月によつて定められた賃金とみなす。