振替休日と週の起算日について

組合との締結文書は、労働協約とよばれています。
一方、労働基準法ほか関連労働法で、事業場ごとの過半数組織組合（がなければ労働者過半数代表）との締結文書は、労使協定といいます。

前者は、労働条件につき団体的に合意した文書ですが、締結した組合に加入する組合員にしか効力はありません。その事業場全体に適用するにはその事業場の3/4以上が加入している組合との労働協約である必要があります。

一方後者は、法による処罰を免罰する効果がありますが、指揮命令する根拠は別途就業規則に定めるか、上の3/4要件をみたす労働協約にする必要があります。また法定事項以外は、労働協約の要件を満たしておく必要があります。協約と協定はまったくちがう性質の文書です（双方の要件をみたせば両方盛り込むことはありえますが）。

以上のことから、おたずねの件は、賃金支払い計算について重要な項目ですので、就業規則の絶対記載事項です。労働協約を結ぶだけでは十分（たとえ3/4要件を満たしていても）でなく、就業規則の変更手続きが不可欠です。

（法令及び労働協約との関係）
第92条 　就業規則は、法令又は当該事業場について適用される労働協約に反してはならない。

さてもう一点疑問を。振替休日は使用者が事前に労働日と休日を指定して入れ替えることをいいますので、突然出勤してくることはありえません。勝手にでてきた従業員には、規定の割増手当（時間外なら125％、休日労働なら135％）を支払うことになります。

それを免れるための週の起算日を変更するだけでなく、休日振替が成立させるための「あらかじめ」使用者が休日出社することを承知して、かつ、週内の勤務日を休日に指定する必要があります。それをしないなら、代休日ですので、その扱いも振替休日とともに就業規則に盛り込むことが必須です。

土日が休日の会社の場合、一週間の起算日を土曜日にするというのは正解です。
なかなかいいセンスをしてますね。一番労働時間管理をしやすい形です。

ただし、就業規則に明記しておいたほうがいいでしょう。

組合との協定（＝協約）は有期限であり、就業規則に記しているほうが安定するからです。
それと、どうせ協約と違う就業規則はその部分につき無効になってしまうので、
協約の締結を口実にして就業規則を協約にあわせて改定してしまうのは楽にできる改定です。

返事が遅くなり申し訳ありません。

丁寧にご説明ありがとうございます。

上司と相談した結果就業規則に規定しないことはやはり難しいので、就業規則に規定する様に動くこととなりました。