【定期健康診断】費用、交通費、給与発生について

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510ちゃんさん、お疲れ様です。
私も同じく職場の健康診断の運営管理を行っております。
健康診断の管理は分からない事だらけで苦戦しますよね。
心中察します。
法の専門家ではございませんので参考になるかわかりませんが
まずは色々と混同されてしまっている様にお見受けいたしますので
一度整理されたほうがよろしいかと思います。
特殊健診に関しては労働時間として受診しなければならないはずですが
一般の健診に関しては労働時間としなくてもよいとされています。
ですから510ちゃんさんの労働時間とみなさないやり方でもよろしいのですが

> 健康診断を受診させることが会社義務のため、法定外休日受診時でも給与・交通費が発生するのでしょうか？
の部分で健康診断を実施する事は会社の義務ですが
労働時間としないと定めたのであれば給与も交通費も発生しないのでは？
まずはご自分で混同なさらない事です。

> 健康診断は半休で終わりますが、1日休んだ従業員でも、1日分の給与支給になるのでしょうか？
> 　・平日就業中、午前休で受診されている従業員
> 　・平日就業中、1日休んで受診されている従業員

健康診断に当てようが何しようが関係なく有給は有給ですので
半日休暇、終日休暇分の支給です。切り離してお考えください。

> ・平日就業中、休むことが難しく土曜休みを利用し受診されている従業
こちらも労働時間としてないのであれば問題ないですね。

> 2.今回再検査の従業員がおります。
> 　再検査は、一時的な変動かどうかの確認のためにもう一度同じ検査を行うため、健康診断の延長で、費用は会社負担となり、結果も会社保管が必要となる、という理解でよいのでしょうか？
> 上記が会社義務になった場合、従業員が必ず再検査い、結果を会社へ提出するよう強制しなければならないのでしょうか？

事業者には健康管理義務がありますし昨今では重要視されておりますので
再検査に関して会社が負担してでも管理していく事は望ましいかと思います。
逆に結果の提出は職員の義務と解釈しておりますから
保管・管理には従業員の方にもご理解いただく事が必要かと思います。

ちなみに弊社では事業者の管理義務という事で
健康診断やそれに伴う再検査等はすべて労働時間内でまかなっております。
事業所様によって様々な形態がありますので一概には言えないかと思いますが
いずれにせよ混同しない運営をなさってください。

稚拙な文章と専門家ではないので解釈違い等あるかと思いますが
ご参考までに

総務経理課　払ら さん

ご回答ありがとうございます。
従業員も全員客先常駐で勤務しており、いろいろなケースを想定しているうちに、考えがまとまらず迷走してしまいました。
ご指摘いただいたように、いろいろな事項を混同せず、総務経理課　払らさんのご回答を参考とし、まずは一般的な対応をたたき台として作成し、その後、自社に合うようにカスタマイズしていきたいと思います。

まだまだ経験不十分でまたご相談させていただくかと思いますが、その時はどうぞよろしくお願いいたします。