欠勤を補うための残業（早出、休出、深夜を含む）について

欠勤した時間と、出勤した時間とを相殺することはできます。
ただし、時間外労働や休日出勤については、割増賃金になっている部分がありますので、その分の支払いは必要になります。

>会社としては特に、欠勤分の業務を早出、深夜、休日出勤して処理するように指示はしていません

不必要に社に残り、不必要な残業代を発生させていると判断される場合については、それについての御社の規程にそって対応してください。

>体調不良のため欠勤を繰り返す女性社員がいます
>病気であるならば診断書を提出するよう指示していますが医者にも行きませんし、応じません。

体調不良における診断書の必要性は、就業規則においてどのように記載されているのかによります。求めることができて、それを提出しないことについての規程も、併せて記載されていると思いますので、その点を確認していただくことがよいでしょう。
就業規則の記載する内容によっては、無断欠勤に該当する場合もあります。
ただ無断欠勤に該当する場合においても、就業規則において、どのように対応するのか、記載にあるように対応するしかありません。

確かに受診を強要することは難しいですね。しかし就労させるなら就労に耐えられる診断書を提出することを求めることはできます。これがないとしばしば休業することを理由に制裁を科すことも可能となります。