労働契約書の労働時間と就業規則

> 教えて下さい。ｳﾁの会社は最近就業規則ができて、労働時間を９時～６時と定めました。ところが、違う事業所にいる数名の方が、就業規則ができる以前に、（ハローワークの求人募集に記載されていた）労働契約時間を９時～５時半として採用されたそうなんです。それで労働基準監督署に尋ねたところ、いくら就業規則が６時終業としても、彼らの５時半終業は生かされる契約ですから動かすことができないのだそうです。だけど、他事業所や他部署からは「不公平だ」との声が出るのは必至です。こんな時はどうしたらよいですか？　いっそのこと就業規則の労働時間を、５時半終業とするべきですか？　事業所全体で彼らの職種と同じ人たちを５時半終業とするのでしょうか？　それとも彼らを「特例」としたカテゴリーに入れて考えるべきですか？

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お尋ねします。
社員就業規則の改正ですが、改正前に以下の手順は踏まれておりますか。
労働条件などの改正については、会社と社員との合議を経てから届け出を行わなければいけないのですが。
お問い合わせの件では、その事がなされないまま、改正を行うように見えます。

＜社員就業規則改正手順＞

（１）就業規則の診断結果を報告
　　社旗保険労務士などによる現行条文との格差チェック
（２）診断結果に基づいた要望
　　改正点のチェック　社内状況との確認
（３）条文の修正案の作成
（４）修正案の訂正希望
（５）再度、修正案の作成
（６）（４）～（５）を繰り返して、完成
（７）従業員代表の意見聴取
　　改正条文への意見、改正提案
　　必要とあれば修正案作成
（８）取締役会での承認
（９）従業員への周知
　　改正点の完全確認を求める
（10）労働基準監督署への届出
　　　　　　　　　　　　　　　　　　
以上が、社員就業規則改正を行う手順です。

大原則として、新たな就業規則の作成によって既得の権利を奪うことはできません。
但し、「高度の必要性に基づいた合理的な内容であるときには、個々の労働者がこれに同意しないことを理由にその適用を拒否することは許されない」とする確立されつつある判例がありますので、不利益変更が全く不可能という訳でもありません。
ただし、この合理性の審査は厳しいので慎重に行うべきです。

ところで、就業規則は事業場単位で作成するものなので、労働時間が異なる人が所属する事業場は、他の事業場の就業規則とは異なった労働条件で作成することを検討する余地はあります。
また、その一の事業場でさえ、異なった労働時間の労働者が混在する場合は、しょうがないので何通りかの所定労働時間を就業規則に記載するほかはありません。
（その場合は、適用条件や暫定措置の内容などを詳細に就業規則に記載する必要があります。）

結論としては、現状で労働時間の少ない人が、そのまま就業しているのなら就業規則を作成するからといって無理に所定労働時間（労働条件）を変更する必要もないのではないか、と思います。（上記でいうところの高度の必要性が見当たらない）

この機会にどうしても統一したいというのであれば、かなり高度な手続きを経る必要がありますので慎重に対応していただければと思います。