有給休暇中の通勤交通費について

こんにちは。
お勤め先の規定がどうなっているかによると思います。
実通勤日数に関わらず定額を支給しているところもありますが、私の勤め先は、通勤距離別に「片道１回○○円・月の上限額○○円」と定めていまして、支給するのは「実通勤回数分」となっていますので、有給休暇を取得した場合や、泊りがけの出張の時などは支給されないことになっています。

あまり参考になるような事例を挙げられなくてすみません。
ご参考になれば幸いです。

通勤手当は法定の支払義務はありません。
基本的に就業規則や給与規程などの社内の定めによります。

通勤手当を、出勤したことを理由に支給する規則なら、有給休暇の日について控除することは問題ありません。
そうでないのなら、年休を取得した時の賃金がどうなっているのかにもよりますが、
仮に、平均賃金を支払う場合で、通常は通勤手当が支払われている場合には、
（通勤手当は、1月ごとに支払われているとしますと）
通勤手当－（（有給休暇取得日数）×1日あたりの通勤手当）の金額を支払えばよい
（昭和２３・４・２０　基発628号）
のではないでしょうか。
御社で過去に同ケースがあればそのように対処されればよいと思います。
すでに退職が決まっている方のただの年休消化はよくあることだと思います。

通勤手当の本来の目的は、会社と自宅を往復するための運賃を会社が恩恵的に面倒をみようとするもので、実費弁償的なものと解釈されます。
ですから権利としては労働者に属するかもしれませんが、通勤の事実が無ければ実費弁償にはあたりません。本人の了解があれば不支給としても構わないと思います。