時給月給派遣社員の代休について

派遣社員の方に対する扱いは、明らかに給与の一部未払いに当たります。

まず、代休を発生させて割増分のみを支払うという運用は、
休日出勤の日給分と代休の欠勤控除分が、
給与計算上、相殺されているのと同義であるにすぎないということをご理解ください。
具体例を挙げますと、
たとえば、日曜日（法定休日）に出勤させて、その後金曜日（所定労働日）に代休を与えたとしましょう。
欠勤控除を行う会社の場合、それぞれ8時間勤務だとすると、日曜と金曜の給与計算は以下のようになります。
日曜日：時間単価×8時間×1.35の給与を支払う
金曜日：時間単価×8時間の欠勤控除を行う。
これは、結果として、
日曜日：時間単価×8時間×0.35
金曜日：欠勤控除なし
と同じことになりますから、
同月内に代休が取れている限りは、割増分のみを月給に上乗せして支払うという取り扱いで問題ないということになります。
（日曜日の勤務時間が金曜日の所定労働時間を超えていたりすると、
　未払い賃金が発生していることになりますが）

これに対し、貴社での派遣社員に対する扱いは、
日曜日：時間単価×8時間×0.35の給与を支払う
金曜日：給与の支払いなし
ということですから、時間単価×8時間の給与が未払いのままということになり、
仮に同月内に代休が取れていたとしても違法です。
未払い賃金の請求権は2年が時効ですから、
少なくとも過去2年分までは支払う義務があることになります。