どこへ相談したらいいでしょう？

こんにちは

相談先は、会社最寄りのハローワークか、ご自身か会社の近隣の市区町村などの労働相談が良いでしょう。

就業規則は、労働者がいつでも閲覧できるようにするのは会社側の義務ですから、それを求めることは当然の権利です。
それをしない会社は違法行為ですから、当然に是正が求められます。

労働契約については、今お判りの範囲で問題がなければ、ハンコをついてもあまり心配ありません。というのも、労働契約において労働者は守られていますので、就業規則の詳細を見ないままにハンコを押させて、後から納得できない条件があれば、「見ていないかったから合意できない」と言えば良いのです。　労働者に内容を提示して理解して貰うのは「会社側の義務」です。　ですから、それをせずにハンコだけ貰っても、何の意味もありません。
多分、会社の担当者はそれが判らないか、社長が無意味なことをやっているのだと思います。

契約において、十分な説明をしない内容は、捺印や署名をしても無効を申し立てる権利は民法で保証されています。
ですから、ハンコを押すならば、ご自身が会社のルールだと理解している範囲に対して納得していれば、それに対して押せば良いのです。　それ以外のものを会社が後出ししても、納得できないものは無効になります。

「外資社員」さんと同様ですので、他のことで記述致します。
◆まず、「shannei」さんは、何をどうしたいのですか
◆就業規則は法でいつでも社員が閲覧できるところに置くことと記述されてます。
◆大概、総務課あたりの書棚にありますが、閲覧する社員はまずいないですね。
◆次に機密漏えいまたは個人情報に関わる誓約書は、今日、社員問わず、派遣者、出向者にも都度サインを頂いております。
この書は定期的に全社的に行っている会社もあります。

◆会社いろいろありますが、短気を起こさず、まず、貴社を知ることから始めては如何でしょうか
（この度の会社側の姿勢が正しいと言っていませんので誤解のないようお願いします。）

何か具体的に後で不利になりそうな内容が記載されていたのでしょうか？まさか、有給なし、残業代なしとは書かないでしょうし。。
企業の秘密・機密情報の保持義務については、雇用契約書や就業規則が無くても当然に課される義務ですから、特に不利益は生じません。
また、すでにアドバイスがなされているように、雇用・被雇用の関係になった後に力関係で結ばれた一方的条件の約定・承諾は覆すことも可能です。有給なし、残業代なしの承諾などは効力すら生じません。
今すぐに相談しなければならない状況が当職には見えてきませんので、就業規則が出来た（改定された）という情報が入ったときに人事に見せてもらえるよう話してみることでは如何でしょう。
確かに、顧問の社労士さんも、多少批判を浴びる対応かも知れませんが、法律の建前だけを振りかざしても仕方ないと考えられたのかも。決して同調はいたしませんが、社労士さんに労働者の代表的な立場を求めてあげるのも可哀そうな気がします。
声をあげるまでの必要がある状態なのか、もう少し見極めてからでも遅くないのではありませんか？