週40時間の計算について

まず、労働時間の計算と、それに対していかに賃金を支払うか（支払規定）は、別問題です。両者をごっちゃにされないことです。

まず、この週の法定休日労働について考察します。

日曜を法定休日と特定して、かつ事前に休日と勤務日を入れ替える休日振替を指定した、という前提です。

４週４日の変形週休制を予備的にもとっていない場合、同一週内の勤務日と入れ替えていないので、休日振替は成立していません。４週の指定をしている場合は、４週の起算日を就業規則に特定しておく必要があり、日曜を法定休日と指定した以上、同一４週内の勤務日との入れ替えを要します。

まず、休日振替が成立している場合です。

この週は５６時間労働したことになり、４０時間を経過した、金土曜日の１６時間が、週４０時間を超過した部分となります。

次に、休日振替が成立していない場合です。

日曜の勤務は、法定休日労働として、週４０時間にカウントされません。よって、土曜の８時間のみが、週４０時間超過となります。もちろん日曜勤務は１３５％の割増賃金が必要です。

そのうえで、賃金をどう払うかは、就業規則（支払規定）によります。３６協定上の時間外と、割増をつける時間外は、後者が上回っている限り、問題ないです。

が、仮に週の半ばに、たとえば水曜日祝日が月末日（または賃金締日）だった場合、この週の時間外：３６協定上の時間外はどの月のカウントになるのか、６０時間カウント問題とあいまって大変微妙な問題となります。