勤務時間と時間外手当

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法定の勤務時間は、1日8時間、週４０時間以内と定められています。

よって、貴社が週休2日なら1日8時間×5日=４０時間なので、勤務時間を１５～３０分増やすのは可能です。通常の会社は８：３０～１７：３０のところが多いです。

法定での休憩時間は実労働時間８時間以内なら４５分、８時間以上なら１時間です。
よって、貴社は実労働時間が７時間４５分なので、休憩時間は４５分以上でＯＫです。

８：３０～１２：００勤務
１２：００～１３：００休憩
１３：００～１７：３０勤務
のシフトが基本だと思います。

時間外手当についてですが、週４０時間内ならば、１日の労働時間が８時間をオーバーしなければ時給に換算して１．０です。８時間を超えた場合は１．２５です。深夜は１．５です。
変形労働の３６協定を締結していれば、１日８時間をオーバーしても労働時間の１．０でＯＫです。

労働時間が増えて給与が同じなら、事質的に減額なので、文句を言う職員もいるでしょう？
貴社に労働組合があれば、その代表者と協議して、賃金をＵＰさせるか決めれば良い。

賃金のＵＰやＤＯＷＮは事業所が考えれば良い、労働基準局がとやかく言えません。県の最低賃金を上回っていれば良いのです。

就業規則の勤務時間の変更は、従業員の代表の意見書を貰い、労働基準局に提出の義務があります。
これは、意見書であって、同意書ではありません。よって、従業員の意見を聞いた事実があれば良いので、同意や承諾は必要ありません。

【追加】

従業員の賃金のカット等の不利益な変更は、良く協議して行う必要があります。

貴社の場合、1日の労働時間内で業務が終わらない事が常恒化しているなら、
労働時間が短いので、変更する理由が発生しますので、就業規則の変更は妥当
だと労基も判断すると思います。
常に残業がある勤務体系の方が問題です。
1日8時間の実労働時間をオーバーすれば超勤を支給する。
よって、業務に取って必要な勤務時間の変更は従業員の不利益にはなりません。
1日8時間のルール無いなら問題ないでしょう。

就業規則の変更によって労働条件をかえることになるのでしょうが、労働契約法１０条に労働者にとって不利益変更になるばあいの、変更の手順がかかれています。

そのひとつに変更の必要性を、労働者に説明せねばなりませんが、

> これをする目的は15分とか30分の時間外手当の削減です。

などというのは、１５分とはいえ労働者に不便をしいてまで労働条件を変更せねばならない理由に値しません。７時間３０分という所定労働時間の枠内に仕事を納めさせるよう、経営者は部課長を指揮して、手腕を発揮すればいいのです。