賠償予定の禁止について

そう規定すること自体、お察しのとおりですし、賃金払わないことは全額払い（法２４条）に違反します（罰則付き）。

両耳そろえて支払（法定控除、協定控除は可）った上で、損害賠償請求となります。なお、請求であって応じるかは本人の任意。応じないなら裁判（実際の損害を立証せねばなりません）です。派遣先に違約金払われたのでしたら、ぶつけてみてはいかがでしょう。１割認められればいいほうです。

今回は、労働条件の変更ですので該当しませんが、雇入れ時に明示した労働条件が、事実と相違するなら、即日退職が労基法で認められています（法１５条２項）。退職表明、２週間未満でやめられたのなら、訴えてみる価値があるか、訴訟倒れにならないか、天秤に掛けてみてください。

> 労働基準法16条で賠償予定は禁止されていますが、「入社後（採用後）数か月で退職する場合、給料を支払わない」とすることは16条違反になるでしょうか？

全体としてもう少し情報がほしいのですが、推測を含めて回答します。
まず仮に損害賠償の対象となる行為があったとしても、給与を支払わないとする行為が合法であると判断するにはかなりの条件をクリアしなければなりません。16条違反とならないためには具体的な金額を定めていないかが判断の分かれ目ですし、給与から合法的に控除するためには労使協定やその内容が自由な意思に基づく締結であったかなど、合法的とするにはその壁は高いものがあります。

よってここでは16条違反というよりも24条違反の可能性が大です。

> 派遣社員が正社員登用後、数か月で退職してしましました。雇用条件等をすべて確認した上で本人が正社員への登用を希望したのですが、わずか1か月で賃金条件が合わないと退職しました。
> 会社側としては正直困ります。

ここで正社員登用の際には一旦了承があったとして、その後賃金条件が合わないとのことで退職したとのことですがどちらに分があるのか不明です。仮に会社側に分があったとしても、それを理由に損害賠償の負担として給与を支払わないとするには、かなりの無理があるように思います。

会社にとってはやるべきことはやったとの思いがあるでしょうが、結果として賃金条件を理由に退職したのですから再考すべき点もあるのではと思われます。

ご回答ありがとうございます。
法16条及び24条に抵触する可能性があるということはおおよそ察しておりましたが、たとえ本人が満足する労働条件ではなかったとしても、それを了解した上での契約を交わしています。
訴訟沙汰にするつもりはありませんが、会社側としては、正社員を雇用するに伴い、様々な処理に時間と労力がかかっています。そのことを考えると正直、、、というのが心情です。

ご回答ありがとうございます。
ご指摘いただいたとおり、法16条あるいは法24条違反の可能性があるということは予測がつきました。
正社員登用は本人が希望し、会社側としては明確な賃金条件を提示し、その上で両者が納得し契約を交わしたと認識しています。ただこちらがそう考えているだけで本当に本人が納得したといえないかもしれません。
可能であっても、損害賠償を請求したり、労使協定等で何が何でも退職を回避させるようなことは考えておりませんが、今後は本当の意味で使用者と労働者両者が納得し契約を交わすことが必要だと思っています。

優先順位は優位のものから順に
①労働基準法、②労協約、③就業規則、④労働契約

の順になるので、本人がその場で納得していても
あとで法律違反なので請求ということが発生するかと思います。

納得していても、公序良俗違反で当該契約は無効
法に沿って対応となるとおもいますので、注意ください