３６協定に定める休日出勤回数について

３６協定における休日労働とは、「法定休日」をさします。協定届に「所定休日」をかかせる欄があってまぎらわしいのですが。

法定休日とは、最低週１日休ませなければならない日です。それ以上休める日は、法定外休日といい、両者あわせて所定休日といいます。４週４日の例外がありますがここでは触れません。

法定休日はいつか？

就業規則に週１日特定してあればそれです。
特定してなくても、いずれの休日にも３５％以上の割増賃金支払いを規定してあれば、対象とする休日のうち、週の最後の休日が（働いても休んでも）法定休日と見なされます。

以上のような規定がなければ、週１日実際休ませた日があれば、その日が法定休日となります。一方休日といえる日すべてに出勤した場合、最後の休日だった日が法定休日労働となり、１３５％の支払を要します。

以上のようにカウントするのは法定休日だけで、法定外休日の労働はカウントされず、時間外労働かどうかの判別対象となるにすぎません。

その人の休日出勤が、法定休日労働なのか、時間外労働なのか、しっかり区分けしてください。

その上でカウントしますので、代休をとったからといって、休日労働した実績は消えませんし、カウントもへりません。カウントしなくてよくなるのは、あらかじめ勤務日と法定休日を指定して入れ替えた休日振替の手続きを使用者がとった場合です。この場合、休日労働にあたりませんが、時間外労働にひっかからないかチェックが必要です。