（急）社員を休ませた場合の給料はどうすればいいのでしょうか？

こんにちは。
原則として、有給休暇は「本人からの申出」により取得するものですので、会社側の都合で取得を命令することはできません。（就業規則に「計画的付与制度」を定めていて、それに則って処理するのならば別ですが・・・。）
よって、①の処理は問題があると思います。
法を遵守した上で休ませるのであれば、全員等しく「給料１日分の６０％を支給して休ませる」ということになると思いますよ。

早速の回答、ありがとうございます。

申し訳ありませんが、追加で・・・

「６０％支給で休み」という事を通達した上で、本人から「年次有給休暇を使いたい」と申し出があれば、年次有給休暇を使わせてあげてもいいのでしょうか？

> 「６０％支給で休み」という事を通達した上で、本人から「年次有給休暇を使いたい」と申し出があれば、年次有給休暇を使わせてあげてもいいのでしょうか？

有給休暇は「本来労務を提供すべき所定労働日に有給で休暇を付与する」という制度なので、労務の提供を免除された日（所定の休日等）には取得できません。
今回の件も、労務の提供を免除された日なので、同様の扱いのように思いますが、会社の強制でなく、本人の希望で有休を取得することは問題ないと思います。（自信なしです）

ご本人からしてみれば、６割より１０割のほうがいいとは思うのですが、中には有給休暇の取得計画を立てている人もいらっしゃるでしょうし、そういう方にとっては計算外の取得は嫌がられるでしょう。

「●日から●日は、臨時休業にします。
会社の都合による休業なので、期間中は日給の６割を補償します。
もし、この期間を有給休暇の消化に充てたい人がいれば、申し出てください。」
くらいの啓蒙にとどめておいたほうが無難かと思いますよ。

まことにありがとうございます。

厚かましいようですが最後にもう一点。

正社員（月給者）以外の時給者（パートタイマー）の方々にも同様に６０％を支給するのでしょうか？

その場合の計算は・・・
（時給）×（１日の契約時間数）×６０％になるのでしょうか？
または、パートタイマーの場合は、支給はしなくてもいいのでしょうか？

度々で申し訳ありませんが、宜しくお願いいたします。

> 正社員（月給者）以外の時給者（パートタイマー）の方々にも同様に６０％を支給するのでしょうか？
> その場合の計算は・・・
> （時給）×（１日の契約時間数）×６０％になるのでしょうか？

休業手当は、全ての労働者に対して支払が必要です。
計算方法については、お考えになっているとおり（時給×契約した所定労働時数×６０％）で大丈夫だと思いますよ。
念のため申し添えますと、休業が複数日続く場合には、休業した日数分（※所定の休日は除く）の支払いが必要です。
例えば、土日が所定の休日の事業所で、１２／１５～１２／２１までの７日間休業したとしたら、２０（土）・２１（日）は所定の休日ですので、５日分の休業手当が必要となります。

何度もありがとうございました。
非常に助かりました。