1ヶ月変形労働時の所定内　深夜出勤について

はじめまして。
ご参考になるかわかりませんが、当社は1ヶ月単位の変形労働制を採用しており、深夜勤務の者もおりますので、当社の賃金計算について説明致します。

法定外時間外労働になるかどうかは、
①　一日の所定労働時間を超え、かつ一日8時間を超えた時間
②　①の時間を除き、一週間の所定労働時間を超え、かつ週40時間を超えた時間
③　①②の時間を除き、一ヶ月の法定労働時間を超えた時間

以上の3段階で、割増対象となる法定時間外労働に該当するかどうかを計算しています。
②のときに①の分を除くのと、③のときに①と②を除くのは、時間外労働が重複してカウントされないためです。

ここで、深夜時間帯の労働については、時間外であったかどうかは関係なく、深夜時間帯の勤務であれば割増しています。
したがって、当然　深夜勤務割増と時間外割増が重複支給されることもありますが、法的にそうでなければならないと理解しています。
（顧問社労士に確認もしています）

賃金計算するためには、勤務時間帯の把握が次の2つの方法があると思います。

[A]　a～dの合計が全労働時間（重複なし）
　a通常勤務時間（22～翌5時を除く）…1.0
　b深夜帯勤務時間（22～翌5時）…1.25
　c通常時間外勤務時間…1.25
　d深夜時間外勤務時間…1.5

[B]　b・cはaに含まれ、重複あり
　a全労働時間…1.0
　b深夜勤務時間…0.25
　c時間外労働時間…0.25


当社はBパターンで勤務時間を把握し賃金計算しています。
気を使うのは休憩時間で、通常時間帯の休憩と、深夜時間帯の休憩を分けて記録してもらわないと深夜勤務時間が正しく把握できません。

ご参考になれば幸いです。