労働時間について

こういうやり方は変形労働時間制として問題があります。
あくまで“事前に勤務を特定する段階で”1ヵ月の労働時間が法定労働時間内に収まれば良いのであって、結果的に160時間以内になれば良いというわけではありません。

> たとえば
> この日とこの日に８：３０～１８：３０まで勤務したから
> 別の日に３時間分早く帰るといった感じです。

本来は17時までなのですから、その日については1.5時間分は超過労働となります。
別の勤務日に3時間早く帰ったら、その3時間分は早退控除にするのが本来のやり方です。

良く誤解されている方がおりますが、変形労働時間は1ヵ月終わった時点で帳尻あわせができていれば良いという制度ではありません。
勤務シフトが確定した後で勤務時間を延長すれば、時間外の対象となります。

> 有給を使わなくてすむ・時間外手当を与えなくてもよいなどの理由だそうです。

必ずしもそうとは限りませんよ。
1ヶ月単位の変形労働時間制では、時間外割増が発生するのは以下のような場合です。
①1日8時間を超えて所定労働時間を定めている場合は、その所定労働時間を超える部分の時間、それ以外の日は8時間を超える部分の時間
②1週間40時間を超えて所定労働時間を定めている場合は、その所定労働時間を超える部分の時間、それ以外の週は40時間を超える部分の時間(①で時間外労働となる時間を除く)
③各月については、法定の労働時間総枠を超える時間(①、②で時間外労働となる時間を除く)
ご質問のケースでは、③については問題ないようですが、
①②に該当すれば割増賃金の支払い義務が発生します。

> 就業規則では
> 早番７：４０～１６：４０
> 日勤８：３０～１７：００
> 遅番１０：００～１８：３０
> と定められています。

とのことですから、日勤の日に8：30～18：30まで勤務、そのうち休憩1時間だとすると、
所定労働時間が7.5時間と定められている日に9時間の労働をしているわけですから、
①の後半部分により、8時間を超える1時間分は25％の割増賃金が発生します。
（7.5時間を超え8時間以下の部分にあたる30分は、法定内残業ですので、
　割増なしの100％の賃金で大丈夫です）
また、別の日に3時間早く帰ったとしても、それが別の週であれば、
②により、①で割増賃金の対象とならなかった部分にも割増賃金が発生するケースがありえます。

> 法的には問題ないですか？

ご質問のケースでは、
少なくとも①に該当していることは間違いありませんから、
実際に支払われた賃金の額が、上記のとおりに計算した額を下回る場合は、
労働基準法第37条違反となります。

具体的に言えば、
日勤の日に8：30～18：30まで勤務（1.5時間超過）し、
遅番の日に10：00～17：00まで勤務（1.5時間早退）したとすると、
欠勤控除と割増賃金の時間単価がともに1000円の場合、
日勤の日の残業代＝1000円×1.5時間＋1000円×25％×1時間＝1750円
遅番の日の欠勤控除＝1000円×1.5時間＝1500円
となりますので、別途250円を支払わなくては時間外割増の未払いになります。

これに対し、
日勤の日に8：30～18：30まで勤務（1.5時間超過）し、
遅番の日に10：00～16：45まで勤務（1.75時間早退）したとすると、
日勤の日の残業代＝1000円×1.5時間＋1000円×25％×1時間＝1750円
遅番の日の欠勤控除＝1000円×1.75時間＝1750円
となりますから、残業代と欠勤控除額が同じになることにより、
“結果として”未払いは発生しません。

※注：割増賃金の時間単価の計算式は法律で決まっていますが、
　　　欠勤控除額の計算式は各会社が就業規則等で定めるものですので、
　　　会社によっては、割増賃金の時間単価と欠勤控除の時間単価が異なる場合があります。
　　　上記はあくまでも考え方の一例ですから、貴社のケースでどうであるかについては、
　　　就業規則等を確認のうえ、実際に計算してみてください。

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