初歩的な質問です。

推測の域をでない回答ですが、参考になればと思い投稿させていただきます。

昨年８月に大手ファーストフード・チェーンが、労働基準監督署から、労働基準法（賃金の全額払いの原則）に違反していると指導を受けたことがニュースになりました。
アルバイトの賃金と社員の時間外手当について30分単位で算定し、30分未満の勤務については切り下げていたことが問題とされたのです。

タイムカードで勤務時間を把握している企業では、同様な取扱いをしている企業が多いようですが、労働基準監督署では、労働時間は１分単位で把握すべしと指導しています。
タイムカードの打刻と実際の終業時刻には差があると会社が主張しても、その差を立証するものがなければタイムカードの打刻＝終業時刻と推定されてしまうわけです。

そこでタイムカードは出社・退社時刻の把握のため、出勤簿は始業・終業時刻の把握のためと使い分けているのではないかと思います。
タイムカードのみとするのであれば、終業と同時にタイムカードを打刻するという行動を社員全員が励行できることが必要ではないでしょうか。

ちなみに１時間未満の労働時間の取扱いについては以下の場合には基準法違反としないとの通達があります。
１）１か月における時間外労働、休日労働及び深夜業の各々の時間数の合計に１時間未満の端数がある場合に、30分未満の端数を切り捨て、それ以上を１時間に切り上げること。
２）１時間当たりの賃金額及び割増賃金額に円未満の端数が生じた場合、50銭未満の端数を切り捨て、それ以上を１円に切り上げること。
３）１か月おける時間外労働、休日労働、深夜業の各々の割増賃金の総額に１円未満の端数が生じた場合、２と同様に処理すること。
（S63.3.14基発第150号）

ご丁寧なご回答ありがとうございました。
当社では始業時と終業時に打刻していますので、その時間を就業時間としております。出勤簿の件については再度、総務と相談したいと思います。