障害者の通勤手当について

> 他の友人の話によると、障害者だから無料乗車券を使ってる区間だけ支給しない！っていうのは違反だと言います。

何に違反なのか、発言主に聞いてください。何違反かは、ここの回答者には答えようがないです。

まず通勤手当は、法定された賃金ではありません。支給するかしないかは、就業規則に定めるところによります。定めがあるなら、それに従い支給することになります。

定めがなければ、労務提供義務のある債務者（労働者）が、就業地までの移動費用を負担します。これが原則です。例外として特約の定めがあれば、債権者（使用者）が負担します。どう負担するかは、使用者の定めるところに従います。

ただし、無料区間の定期券を買ったことにして請求すれば、これは詐欺罪が成り立つでしょう。買ったうえで、支払う支払わないは、定めるところによります。

ところが、買う買わないに限らず実際の移動に応じて支払う、となれば詐欺にならないのです。一方で、通勤により利益を得ていることより、課税処理しないと、脱税もしくは源泉懈怠にあたるでしょうから、そこらあたりは会社と意思疎通がかかせません。

このことからわかるように、どのものさし（法）をもって判断するのか明確にしないと、何に違反しているのか確定できなのです。

そこでまずは、使用者の支払い基準がどうなっているのかただして、今回の１件を当てはめ判断されるといいでしょう。

通勤交通費は労働基準法では、支払義務は規定されていません。
会社の賃金規程などで定められますが、通常、実費とか１ヶ月の定期代とか定められています。
上記の内容であれば、障害者の無料区間は、支給されないということになります。
①請求しても、支給されないケースが大半でしょう。実費が生じていませんから。
②違反ではありません。違反という用語が出てくること自体おかしいです。