代休の使用期限について

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アクト経営労務センター様、ありがとうございます。
以前もお世話になりましたが、今回も質問にお答えいただきありがとうございます。

当社では、休日出勤をしてもらった場合、所定労働時間以上勤務した場合に代休を与えています。所定労働時間分は時間給の0.25倍（法定休日は0.35）を支払い、それを超えた時間は1.25倍（同1.35倍）支払うようにしています。又、所定労働時間に満たない場合は1.25倍（同1.35倍）を支払っています。
ただし、同一賃金月に代休取得の有無にかかわらず、上記の賃金体系になっています。これについては従業員の同意の上で行っています。しかし、項目５を読ませていただくと違反していることを初めて知りました。
やはり、従業員同意のうえでも違反

また、就業規則では『原則一週間以内に代休を取得』とありますが、営業部員はそれが難しいため以前は期限を設けずにいましたが、数年前に半年を期限（管理職は３ヶ月）と部内で決め通達し、全員承知したようです。

振替休日については当社では運用が難しいと思われます。
建築現場監督を行っているため、基本的に平日は休めず、現場によっては１カ月以上土曜日も勤務しなきくてはいけない状況となり、会社で振替休日を指定することができないためです。

就業規則には、早急に代休の使用期限を明記したいと思います。賃金体系に関しては、違反した状態を続けるのは良くないとは思いますが、会社の経営状況を考えると賃金体系はこのままになるだろうと思います。

質問にお答えいただいて、ありがとうございました。