ちょっとした疑問なんですが、

> 皆様のご意見をお聞かせください。宜しくお願いします。
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> 私の会社では、皆勤手当というものがついています。有給休暇の取得した月は皆勤手当が引かれます。
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> 私自信、皆勤とは休日以外の日を休まず出勤しましたという事だと認識をしておりますが、有給休暇は「取得した日は出勤した事にする」という捉え方ならそれはもしかして「＝皆勤」という事なんでしょうか？

法律上は年休は出勤となりますが、皆勤手当は会社が定めるもののため法律外という考えがあり御社のような例が
あるようですが、そのままでは労基署に指摘されます。
長くなりますが、わかりやすいように前提から以下に
揚げます
「賃金の減額その他不利益な取扱い」で違法皆勤手当の額の算定に際して、労働基準法第三九条に規定する年次有給休暇を取得した日を欠勤として、または欠勤に準じて取り扱うことについては直ちに法違反があるとは認めがたいものの、年次有給休暇の取得を抑制する効果をもつものであり、。労働基準法第三九条の精神に反するとされ、労働省はこれまでも精皆勤手当の不支給もしくは減額の程度によっては、公序良俗に反し民事上無効とされる場合があるという観点に立って、不利益取り扱いに対する是正を行ってきてます。このように、従前から年休を取得したことを理由として精皆勤手当を不支給、減額するような取り扱いは罰則の適用はないものの、本来許されないものとして是正が図られてきたものであり、そのような取り扱いが認められていたわけではありません。しかし、いまだにそのような取り扱いをしている企業があることから、昭和六二年の改正においてこのような取り扱いをなくし年休の取得促進を図るために附則第一三四条が設けられました。附則第一三四条は「使用者は、第三九条第一項から第三項までの規定による有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額その他不利益な取扱いをしないようにしなければならない」とし、不利益取り扱いを禁止しています。このように、御社での取り扱いは、労基法上許されないことが明確ですので、年休の取得により皆勤勤手当の不支給あるいは減額が生じないよう改めるべきです。施行通達でも、「年次有給休暇の取得に伴う不利益取扱いについては、従来、・年休の取得を抑制する効果をもち、法第三九条の精神に反するものであり、・精皆勤手当や賞与の減額等の程度によっては、公序良俗に反するものとして民事上無効と解される場合もあると考えられるという見地に立って、不利益な取扱いに対する是正指導を行ってきており、今後は、労働基準法上に明定されたことを受けて、上記趣旨を更に徹底させるよう指導を行うものとすること」（昭六三・一・一基発第一号）としているとおりです。