欠勤分の給与返還について

djshotaさん、

おはようございます。

　書き込み情報の範囲に対するコメントになりますが…。
　諭旨退職は「懲戒解雇相当の事由がある場合に、本人に反省が認められる等のときに退職願を提出するように勧告する」ものですから、ご本人がこれに応じたということは、「懲戒解雇相当の事由があること」をご本人が認めておられるのでしょう。

> 有給休暇でまかなってもらえないかとお願いしたところ、「懲戒解雇」にするぞといわれてしまったそうです。
　「懲戒解雇」ということになれば、退職金の返還要求（支給されていれば）もありえますし、労基署に認められれば即日解雇になることもありえます。
　残った有給休暇の扱いについては、示談書に記載がなければ、会社との話合い次第になりますが、ご本人が懲戒解雇相当の事由を認めている（推察ですが）以上、会社に対する申出は下手に、会社が応じなければ給与の返還もやむを得ないのでは、と考えます。
　一個人の意見です。ご了承ください。

退職理由が「諭旨退職」と述べられていますから、社員が求める理由如何に問わず、有給休暇の取得権利は労働者にあると考えられます。
ただ、今回の退職に至る経緯ですが、服務規律違反に対する制裁として社員の就労を将来に向かって一定期間禁止することを命じています。今回は一日の出勤停止といった処分の場合には、この日について出勤を停止し、賃金を支払わないという取扱いをすることは可能と認めています。

退職日までの日時内に有給休暇を求めることは労働者としての権利履行は可能です。その日時内に懲罰委員会、諭旨退職決定日に関しては出席するしないにかかわらず、有給休暇の取得は可能です。もちろん、退職日までの休暇日数を取ることも可能です。
労基署へのご相談が一番でしょう。ただ、今回の要件がある程度細部まで問診されるでしょう。