有給取得時の所定外支払いについて

たにぞうさんが所定外支払いとおっしゃっているのは、時間外割増のことでしょうか？
労働基準法では、実労働時間主義を取っていますので、
フレックスタイム制で時間外割増が発生するのは、
清算期間内の法定休日以外の総労働時間が法定労働時間を超えた場合です。
法定休日の労働に対しては、総労働時間とは無関係に休日割増が発生しますから、
時間外労働として扱う時間数を計算する際には、法定休日の労働時間は除きます。
また、清算期間内に年次有給休暇を取ろうが代休を取ろうが欠勤をしようが、
法定労働時間は変わりません。
つまり、ご質問の例で言うと171時間のままです。

たとえば、清算期間内の法定労働時間が171時間、総労働時間が200時間で、
総労働時間に法定休日の労働が16時間含まれている場合、
時間外割増（25％）が発生するのは、
総労働時間200時間－法定休日の労働時間16時間－法定労働時間171時間＝13時間
休日割増（35％）が発生するのは、16時間となります。

フレックスタイム制と、年次有給休暇の関係はちょっと特殊なようです。

労働時間の総枠(a)はかわりません。１日年休をとった場合、協定できめた通常働いた時間数(b)が加算されます。その上で、その月の総労働時間(bを含む)－(a)＝時間外労働が求まります(ただし法定休日労働は除く)。

いろいろ調べてみたのですが、これはという答えが無く
判断に困ります。当社では いつかいり さまのおっしゃ
るように通常働いた時間数（当社では８時間）を加算し
ております。
お忙しい中での御返信ありがとうございます。

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> いろいろ調べてみたのですが、これはという答えが無く
> 判断に困ります。当社では いつかいり さまのおっしゃ
> るように通常働いた時間数（当社では８時間）を加算し
> ております。
> お忙しい中での御返信ありがとうございます。

年次有給休暇を取得した場合の賃金の算定基礎となる労働時間については、「フレックスタイム制の下で労働した場合には、当該日に標準となる１日の労働時間 を労働したものとして取り扱うこととするものである」

という通達があるので、おっしゃる様に取り扱うのではないでしょうか？