代休の時効について

休日出勤の割増賃金が未払いであるのは、労働基準法24条の全額払いに違反している状態です。
賃金の時効は2年ですが、該当者が、割増賃金を要求し続けているのであれば、その都度時効は中断します。
　所定休日に労働させた場合に代休を付与することは、労基法上は要求されていません。ですから、代休の対象となった休日の労働に対する割増賃金が既に支払われているのであれば、代休をそのまま取らなくても問題はありません。
代休を付与するかどうか、代休を付与する場合にどのような要件を設定するかは、 労働契約（一般には就業規則）で定まります。しかし、休日振替とは異なり、所定休日に おける労働が前提であるので、法定休日労働（労基法３５条）の場合は、休日労働につい ての３６協定が必要であり、割増賃金（割増率は３５%以上：労基法３７条）の支払いもなされなければなりま せん。また、法定外休日の場合にも、その労働により週法定時間（４０時間）を超える場 合は、３６協定と割増賃金（割増率は２５%以上：労基法３７条）が必要となります。
就業規則に取得期限を記載しておけばそれまでに消化することになります。
この場合、給与計算の賃金支給計算月内である当月内に取得するようにすることが実務効率からして多いと思います。
取り決めず、何も記載なければ、代休の時効はないので、社員が請求したら応じるという解釈になるでしょう。

> 今勤務している会社では、土曜、日曜など休日出勤しても
> 手当が支給されません。本来であれば休日出勤手当を支給すべきところを後日病気等で休んだ分で休日分を相殺しています。休日出勤手当を支給していない為休日出勤分については過去の分（7年位）まで記録して運用していますが、有給休暇と同じ様（2年）に代休も時効があるのではないかと指摘されました。一般的には、給与支給期間中に振替休日をとる
> 、休日手当を支給するとは思いますが、現在では二つの手段
> も難しいです。有給休暇にの時効は労基法上にありますが、
> 代休については見当たりません。（本来ならあってはいけない項目だからでしょうか）代休について色々調べてみると
> 会社の規定（就業規則）によるような感じです。
> ちなみに今の会社の規定には休日出勤に関する項目はありますが、その後の処理ついては明文がありません。
> 代休についての時効、今後どの様にすべきかアドバイスお願いします

こんにちは。
代休の時効についてではなく、休日出勤をして、割増を支払わない若しくは代休を取得させないという方で議論すべきものではないでしょうか。
明らかに法律違反なので。

土日に出勤せざるを得ない勤務状況であるならば、それに見合った勤務体系を考え実施するべきでは。
例えば１日の所定労働時間を多少短くし、隔週勤務体系とするとか、繁忙期と閑散期がはっきりしているのであれば、変形労働時間を採用するなど。

労働債権という民事上の時効は、２年ですが、賃金不払いという刑事上の時効は、３年です。